T. K. und Kari machen gerade zusammen Urlaub, als sie in einer Seitengasse einen Jungen sehen, der mit einem Digimon redet. Sie wollen eingreifen, wodurch das Digimon wütend wird und sie angreift.
Nach kurzer Zeit verschwindet es allerdings wieder, genauso wie der Junge. T. K. und Kari kontaktieren die restlichen Digiritter, doch diese kommen erst durch einige, recht umständliche, Wege zu ihren Freunden. Unterwegs haben sie noch einen Jungen namens Willis aufgegabelt, der, wie sich herausstellt, der Junge ist, dem T. K. und Kari schon einmal begegneten. Zusammen setzen sie die Reise fort, doch Willis will nicht erzählen, wohin es eigentlich genau geht, bis es zu einem Gespräch zwischen ihm und Davis kommt. Willis erzählt, dass er einst zwei Partnerdigimon hatte, doch eines Tages wurde eines, Kokomon, von einem Virus befallen, wodurch es mehrfach digitierte und Willis immer wieder angriff. Teilweise wehrte es sich aber auch gegen den Virus und bat Willis, zurück zum "Anfang" zu gehen. Deswegen wolle er nun zu dem Ort zurück, an dem er einst seine Digimon-Partner erhalten hatte. Schließlich wird die Reise fortgesetzt, bis alle den besagten Ort erreichen. Dort wartet auch schon Endigomon, das kurzerhand zu Antylamon digitiert. Veemon und Terriermon digitieren daraufhin zu Flamedramon und Gargomon und auch die anderen Digimon der Digiritter digitieren, sodass der Kampf beginnen kann. Antylamon digitiert nun auch noch auf das Mega-Level, zu Cherubimon Virus Mode, und erklärt, das mit dem "Anfang" nicht der Anfangsort, sondern die Anfangszeit gemeint war und so versetzt es alle Digiritter und ihre Digimon zurück in die Zeit, in der Willis ein Digiritter wurde. Dieser versteht langsam, dass er seinen ehemaligen Partner nicht mehr retten kann und so digitieren Angemon und Angewomon auf ihre Mega-Levels zu Seraphimon und Magnadramon, damit die goldenen Digiarmoreier herbeigerufen werden können, durch die Veemon und Terriermon zu Magnamon und dem goldenen Rapidmon digitieren.
Sie dringen in den Körper von Cherubimon Virus Mode ein und vernichten es schließlich von innen. Der Feind ist zwar besiegt, doch Willis trauert trotzdem über seinen Partner. Ganz zum Ende des Films sieht man aber, wie er ein neues Digiei bekommt, aus dem Kokomon wiedergeboren wird.