Takato und Henry machen Urlaub, wobei sich Henry einige Unterwasserruinen ansehen will und Takato seinen Cousin Kai und dessen Großeltern besucht. Rika bleibt zu Hause und muss sich überall die Werbung der neuen sogenannten V-Pets ansehen, was sie ziemlich nervt, als eines nachts bei einer Ölrafinerie ein Pteramon auftaucht. Renamon kann es zwar besiegen, doch es meint, dass bei diesem Digimon etwas "anders" gewesen wäre. Am nächsten Tag gehen Takato, Kai und Guilmon tauchen, als sie ein Mädchen auf einem Surfbrett sehen, das von einem Tylomon angegriffen wird.
Guilmon besiegt zwar den Feind, doch das Mädchen hat das Bewusstsein verloren. Nachdem es wieder aufwacht stellt sie sich als Minami Uehara, die Tochter des Machers der V-Pets, vor. In dieser Nacht erzählt sie Takato von Mei, dem ersten V-Pet das ihr Vater entwickelt und ihr geschenkt hat. Es war sogar real, wie Guilmon, doch eines Tages, bei einem Sturm, ging es im Meer verloren... Am nächsten Tag greifen ein Scorpiomon und ein Divermon Kais Haus an. Growlmon übernimmt Scorpiomon, während Kai mit Minami vor dem Divermon flüchtet. Dieses will das Mädchen entführen, doch da taucht ein unbekanntes Digimon aus Minamis Computer auf und rettet sie. Auch Scorpiomon konnte vernichtet werden, doch da kommt auch schon der nächste Gegner: ein Mantaraymon und entführt Minami. Zur selben Zeit werden Rika und Renamon von einem Bluemeramon und Henry und Terriermon von einem Ebidramon angegriffen.
Renamon und Terriermon müssen digitieren, um siegreich aus den Kämpfen hervor zu gehen, als sie eine Stimme ruft und schließlich zu sich teleportiert... Takato, Guilmon, Seasarmon, wie sich das unbekannte Digimon vorstellt, Kai und dessen Großvater verfolgen unterdessen das Mantaraymon, bis sie zu einer Insel gelangen. Diese entpuppt sich als die Hauptfirma der V-Pets. Als sie erneut auf das Mantaraymon treffen, kann Growlmon dieses besiegen und Minami retten. In der Firma werden deren Vater und der Präsident der V-Pet-Laboratorien gerade von einem Archelomon, einem Sepikmon, einem Pipismon, einem Ponchomon und einem Baronmon bedroht.
Takato und Co. stürmen die Firma und vernichten alle Gegner. In der restlichen Welt sieht man derweil, wie sich alle V-Pets in Digimon verwandeln und für ein riesen Chaos sorgen. Henry, Rika und ihre Digimon befinden sich gerade bei Omnimon, einem gutartigen Digimon, das ihnen von Mephistomon erzählt, welches die V-Pets kontrolliert und die reale Welt zerstören will, und sie um Hilfe bittet. In der V-Pet-Firma entpuppt sich der Präsident derweil als eben dieses Mephistomon und Seasarmon als das digitierte Labramon (Mei) Minamis. Mei konnte nicht von Mephistomon kontrolliert werden, da es das erste V-Pet überhaupt war. Es greift Mephistomon sofort an, doch es hat keine Chance. Da greifen auch Henry und Rika endlich in das Geschehen ein, sodass sich Mephistomon eine Art Parallelwelt erschafft, in der sie kämpfen können. Gemeinsam schaffen es die Digimon der Digiritter auch schließlich Mephistomon zu besiegen. Alle V-Pets werden dadurch zerstört, doch Takato fragt sich, warum Mephistomon's Parallelwelt immernoch besteht. Da erscheint der Feind erneut, allerdings ist er digitiert: zu Gulfmon. Dieses ist natürlich um einiges stärker als Mephistomon, weswegen die Digimon der Digiritter auf ihre Ultra-Levels digitieren müssen. Gulfmon startet eine Attacke vor der Minami nicht mehr rechtzeitig fliehen kann, sodass sich Mei für sie opfert. Durch eine gewaltige gemeinsame Attacke schaffen es Wargrowlmon, Rapidmon und Taomon schließlich Gulfmon zu vernichten.