Die reale Welt wurde von einem mächtigen Digimon namens Argomon Ultra angegriffen, welches alle Menschen mit Hilfe von dornenbesetzten Ranken in einen tiefen Schlaf versetzt hat. Nur ein Mädchen namens Rhythm konnte fliehen und trifft nun auf Agumon, Gaomon und Lalamon, die ebenfalls noch da sind. Die vier werden schließlich von einer Horde Goblimon und einem Ogremon angegriffen, welche sie aber besiegen können.
Danach machen sie sich auf den Weg zu Argomon Ultra, um es zu vernichten. Unterwegs werden Gaomon und Lalamon aber in Kämpfe mit Goblimon und Pipismon verwickelt, sodass sich nur Agumon und Rhythm Argomon Ultra stellen. Es macht das alles, um der wachsenden Umweltzerstörung durch die Menschen ein Ende zu bereiten, da diese auch die Digiwelt beeinflussen würde. Deswegen fesselt es nun auch Agumon und Rhythm und quält letztere. Das macht Agumon so wütend, dass es es schafft sich zu befreien und Argomons Ranken und damit auch das Digimon selbst in Brand zu setzen. Es scheint dadurch schon besiegt, allerdings digitiert es plötzlich zu Argomon Mega. Durch den Brand ist allerdings Marcus wieder aufgewacht, sodass Agumon zu Shinegreymon digitieren kann. Nach einem kurzen Kampf digitiert es sogar zu Shinegreymon Burst Mode und vernichtet so schließlich Argomon Mega. Rhythm nimmt daraufhin dessen Digiei und geht damit in die Digiwelt, um allen zu erzählen, dass es auch gute Menschen gibt.