Der Computer Yggdrasil kontrolliert die gesamte Digiwelt. Durch die wachsene Datenmenge in der Digiwelt tritt in ein digitaler Nebel auf, der ihr schadet und droht, sie zu zerstören.
So entschließt sich Yggdrasil, die Digiwelt zu löschen. Er plant, das ursprüngliche Projekt, wegen dem die Digiwelt geschaffen wurde, fortzuführen: Nur bestimmte Digimon, die für Nachforschungen notwendig sind, dürfen überleben. Er startet das "X-Programm", das alle Digimon bis auf die wenigen Auserwählten löschen soll.
Trotzdem gelingt es einigen von ihnen, sich zu retten und dem Löschen zu entkommen, weil sich ein X-Antikörper, der dem Programm entgegenwirkt, in ihrem Körper befindet. Um dem Programm und dem Nebel zu entkommen, entschließen sich die übrigen Digimon, in eine andere digitale Welt zu ziehen.
Da reagiert Yggdrasil und schickt seine Royal Knights in die Digiwelt, um die Digimon mit den X-Antikörpern zu vernichten.
Schließlich gelingt es den Digimon mit Unterstützung einiger Royal Knights, die Yggdrasils Fehler erkennen und das Auftreten des neuen Digikriegers Alphamon, ihren Herrscher zu besiegen und die Digimon zu retten.